Puebla de Don Rodrigo debe su nombre a Don Rodrigo Téllez de Girón vigésimo noveno Maestre de la orden de Calatrava en 1472, quien la convirtió en villa, cediéndole ésta su nombre en agradecimiento al mismo.
Actualmente el apellido del ilustre caballero ha desaparecido del nombre del pueblo.
Su historia se remonta a unos 800 años atrás aunque al parecer hay constancia de civilizaciones anteriores.
Está enclavada en uno de los caminos que enlazaba Mérida con Toledo.
En 1217 el pontífice Honorio III concedió en Rodrigo Jiménez de Rara Arzobispo de Toledo las casas, villas, molinos y hornos; posteriormente D. Rodrigo Tellez de Girón la hizo villa una conversión que fue confirmada por los Reyes Católicos en el Capítulo General de la Orden de Calatrava que se celebró en Tordesillas en 1472 diez años más tarde el cambio de nombre fue ratificado por el rey Felipe II; esta conversión llevaría incluidas concesiones como el villazgo, la dehesa boyal y otras asignaciones a los futuros vecinos; posteriormente en 1534 se erigió la encomienda de Bolaños a la que pasaron todas las pertenencias del maestrazgo en esta demarcación. En 1563 fue dividido el gobierno de Almagro creando la llamada rinconada de Almodovar, a la que perteneció Puebla de Don Rodrigo hasta la desaparición de estas jurisdiciones en el S.XIX, pasando entonces a depender del partido de Piedrabuena; en 1572 se desmembró y enajenó lo perteneciente a la encomienda de Piedrabuena para constituir un señorío, por lo que desde esta última fecha hasta la supresión de estas instituciones en el S.XIX sólo la encomienda de Bolaños y el señorío de Piedrabuena fueron las instituciones vigentes.
En 1575 contaba con 80 habitantes.
En el Capítulo General de 1652 se ordenó que El compulso de la Puebla de Don Rodrigo tiene 30 vecinos; en el Indice Geográfico del Territorio de las Ordenes en 1772 sólo menciona sobre la Puebla que el Río Guadiana pasa a medio cuarto de legua.
En la división que se hizo de España en forma de Departamentos y Prefecturas durante la denominación francesa, este término estuvo adjudicado al llamado del Guadiana y Guadajira, con capital en Mérida, que alcanza hasta el Río Bullaque.
En 1826 era villa con 39 vecinos y 290 almas.
Análogamente a otros pueblos aislados y de precaria agricultura esta no parece que empezara a progresar hasta ya entrada la 2ª mitad del S. XIX, y anteriormente desde mediados de XVI se mantuvo en un nivel muy inferior, por otra parte el descenso experimentado por la emigración agrícola representaba casi el 20% de su población en 1950
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